2016年2月23日，中国科学评价研究中心、武汉大学中国教育质量评价中心联合中国科教评价网隆重推出《2016年中国大学及学科专业评价报告》，发布了中国大学本科专业排行榜，共涉及478个本科专业。
下面公布2016-2017年制药工程专业排行榜的前20强名单。
制药工程专业排名数据
| 排 序 | 学校名称 | 水 平 | 开此专业学校数 |
| 1 | 华东理工大学 | 5★ | 222 |
| 2 | 天津大学 | 5★ | 222 |
| 3 | 北京化工大学 | 5★ | 222 |
| 4 | 南京工业大学 | 5★ | 222 |
| 5 | 四川大学 | 5★ | 222 |
| 6 | 沈阳药科大学 | 5★ | 222 |
| 7 | 大连理工大学 | 5★ | 222 |
| 8 | 中国药科大学 | 5★ | 222 |
| 9 | 浙江工业大学 | 5★ | 222 |
| 10 | 浙江大学 | 5★ | 222 |
| 11 | 吉林大学 | 5★ | 222 |
| 12 | 江南大学 | 5★ | 222 |
| 13 | 广州中医药大学 | 4★ | 222 |
| 14 | 武汉理工大学 | 4★ | 222 |
| 15 | 山东大学 | 4★ | 222 |
| 16 | 山东中医药大学 | 4★ | 222 |
| 17 | 哈尔滨商业大学 | 4★ | 222 |
| 18 | 北京理工大学 | 4★ | 222 |
| 19 | 合肥工业大学 | 4★ | 222 |
| 20 | 佳木斯大学 | 4★ | 222 |
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